VÚ, SŠ a ŠJ Jindřichův Hradec je příspěvkovou organizaci s právní subjektivitou. Je zřizován a přímo řízen MŠMT ČR. V čele zařízení stojí ředitel organizace. Koncepce ústavu začala vznikat již v roce 1993, o oficiálním statutu zařízení s léčebným režimem rozhodlo MŠMT ČR k 1. únoru 1999.Výchovný ústav se dělí na dva pedagogické úseky:
1. Školy - Odborné učiliště (kapacita 16 žáků), Praktická škola jednoletá (2 třídy po 8 žácích) a Praktická škola dvouletá (8 žáků v ročníku)
2. Výchovný ústav (kapacita 36 dívek)
Výchovný ústav
